Фамилия Плужкова образована от прозвища или профессии предка — Плужник. В основе лежит слово «плуг», и, скорее всего, Плужником называли пахаря, земледельца, того, кто владел плугом или работал на нём. Модель образования типична для центральной России: к основе на -ж- (Плуж-) добавили суффикс -ник-, а затем фамильный суффикс -ов. Важно, что здесь нет суффикса -ин, который обычно дают слова на -а/-я, — это указывает на мужскую профессию, а не на прозвище по имени матери или жены.

В этимологическом словаре Б. Унбегауна фамилии от «плужник» относят к группе «ремесленных» и «земледельческих». Реже встречается версия, что Плужник — это не пахарь, а человек, делавший плуги, то есть кузнец-оружейник, специализировавшийся на сельскохозяйственных орудиях. Но первое толкование правдоподобнее: в русских говорах «плужник» — именно пахарь, а изготовителя чаще звали «плужным мастером» или «плугарем».

Географически фамилия Плужков и её женская форма Плужкова тяготеют к южнорусским и центральным областям — Тульской, Рязанской, Орловской, Курской. Это не случайно: именно в чернозёмной полосе плуг был основным орудием, а не соха, как на севере. Встречается фамилия и в украинских землях, где «плужник» также означало пахаря, но там чаще фиксируется форма Плужник без суффикса -ов.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Плугов, Плугарев, Плужников) показывает, что Плужкова — одна из самых прямых по смыслу: она буквально говорит «дочь или жена пахаря». Если предок был крепостным, то фамилия закрепилась уже после отмены крепостного права в 1861 году, когда бывшим крестьянам массово давали фамилии по роду занятий. Если же носитель был из однодворцев или казаков, фамилия могла быть более ранней — XVII–XVIII века.