Фамилия Плыгускин — редкий случай, когда основа слова не даёт однозначного толкования. На первый взгляд, корень «плыг-» напоминает глагол «плыгать», который в некоторых южнорусских и украинских говорах означал «прыгать», «скакать». Если так, то перед нами фамилия-прозвище: Плыгуска — человек непоседливый, прыгучий, вертлявый. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Плыгускин, то есть сын или потомок Плыгуски. Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а/-я.

Но есть и другая, менее очевидная версия. Слово «плыг» могло быть диалектным вариантом «плуг». В таком случае Плыгуска — это пахарь, крестьянин, владелец плуга. Переход «у» в «ы» в безударной позиции (плуг → плыг) встречается в некоторых говорах, особенно северных и сибирских. Эта версия правдоподобнее, если учесть, что фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, а не на юге, где «плыгать» было более распространено.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Плыгунов, Плыгачёв — показывает, что все они редки и тяготеют к Псковской, Новгородской и Вологодской землям. Это подтверждает гипотезу о северном происхождении. В словарях русских фамилий (например, у В. А. Никонова) Плыгускин не упоминается, что говорит о его локальном бытовании.

Таким образом, носитель фамилии Плыгускин, скорее всего, происходит из крестьянской среды северной России, а его предок носил прозвище Плыгуска — либо как человек, связанный с плугом, либо как непоседа. Второе кажется более вероятным из-за уменьшительно-ласкательного суффикса «-уск-», который обычно придаёт прозвищу оттенок скорее характеристики, чем профессии.