Фамилия Подафа — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка связано не с русским, а с греческим или церковным именем. Основа здесь — каноническое мужское имя Подаф, которое в православных святцах встречается в форме Подаф или Подат. Это имя греческого происхождения, предположительно связанное с корнем, означающим «нога» или «стопа» (др.-греч. πούς, род. п. ποδός), и может трактоваться как «крепконогий» или «быстроногий». Фамилия образована по простейшей модели: к основе Подаф- добавили типичный русский суффикс принадлежности -а, указывающий на то, что человек был из рода Подафа. Таким образом, Подафа буквально означает «сын Подафа» или «человек из семьи Подафа».

Модель с конечным -а в фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на украинское или белорусское влияние, либо на то, что фамилия закрепилась в форме родительного падежа. Однако в данном случае, учитывая редкость имени, скорее всего, это просто застывшая форма отчества без дополнительных суффиксов, характерная для некоторых южнорусских и малороссийских говоров. Географически фамилия Подафа — большая редкость. Она практически не встречается в современных телефонных справочниках и базах данных, что говорит о её угасании или крайне локальном бытовании, возможно, в среде старообрядцев или в отдалённых районах, где сохранялись редкие календарные имена.

Интересно, что в русской ономастике есть фамилии Подаш, Подашев, а также Подат — все они восходят к тому же корню. Подафа стоит в этом ряду особняком из-за своего окончания. Вероятно, предок носителя этой фамилии был либо крещёным греком, либо русским, получившим при крещении редкое имя в честь малоизвестного святого. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям у фамилии нет — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где имя Подаф ещё помнили как живое, а не как книжное.