Фамилия Подённая — редкий пример, когда женская форма закрепилась в качестве фамилии и передавалась по наследству. В русской традиции фамилии на -ая обычно принадлежали женщинам (например, в записях: «вдова Марья Подённая»), но со временем, особенно в северных и сибирских говорах, такая форма могла стать родовой, не меняясь по полу. Поэтому предок-мужчина мог носить фамилию Подённый, а потомки закрепили вариант Подённая, или же фамилия изначально пошла от прозвища женщины.

Основа фамилии — прилагательное «подённый», то есть «суточный, длящийся один день». В старину так называли работу, оплачиваемую по дням, а не на месячном или годовом найме. «Подёнщик» — это человек, нанимавшийся на один день, часто чернорабочий, батрак без постоянного места. Прозвище Подённый могли дать крестьянину, который перебивался случайными заработками, не имел своего хозяйства или работал на барщине подённо. В словаре В. И. Даля «подёнщина» — это и сама такая работа, и люди, ею занятые.

Словообразовательная модель прозрачна: корень -дён- (от «день»), приставка по- и суффикс -н-. Фамилия относится к типу адъективных (по форме — полное прилагательное), что характерно для южнорусских и украинских земель, а также для казачьих областей. Однако встречается Подённая не только на юге: в переписных книгах XVII века упоминаются крестьяне Подённые в Пермском крае и на Урале, что подтверждает связь с подённым трудом в горнозаводских районах.

Вторая, менее вероятная версия — происхождение от прозвища, связанного с мерой длины «подённая» (примерно суточный переход) или с диалектным словом «подёнка» (подёнка, насекомое-однодневка). Но в ономастике предпочтение отдают социально-профессиональному значению: фамилия прямо указывает на род занятий или положение предка — подёнщика, вольного или зависимого батрака.

Однокоренные фамилии — Подёнщиков, Подёнкин, Подённый. Вариант Подённая сохраняет женское окончание, что делает её отличительной чертой: в современных справочниках она часто фиксируется именно в этой форме как самостоятельная, а не как парная к мужской.