Фамилия Подкалне — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — не русское слово, а латышское «подкалне» (pakalne), что означает «подгорье» или «пригорок». Так могли назвать человека, жившего у подножия холма, или дать прозвище по названию хутора, стоявшего в низине.

Суффикс -е в конце — характерная примета латышских фамилий женского рода (в мужском варианте было бы Подкалнис). Однако в русской среде окончание застыло, и фамилия не склоняется как типичная славянская. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, скорее всего, были латышами или латгальцами, переселившимися в Российскую империю, либо их потомками, у которых фамилия закрепилась в неизменной форме.

Версия о происхождении от русского «подкал» (подкладывать, подкалывать) маловероятна: для такого прозвища естественнее было бы окончание -ов или -ин. Латышский корень даёт ясную и логичную картину: фамилия описывает ландшафт, а не занятие.

В дореволюционных метрических книгах западных губерний (Витебской, Курляндской, Лифляндской) можно встретить как Подкалне, так и Подкалнис, Подкалн. Фамилия не была дворянской или купеческой — скорее всего, её носили крестьяне или мещане, получившие фамилию при переписях XIX века по месту жительства. После переселения в другие регионы России связь с исходным хутором терялась, а фамилия оставалась единственным напоминанием о балтийских корнях.