Фамилия Подойнцына — женская форма фамилии Подойнцын. В основе лежит прозвище или мирское имя Подойнец. Чтобы понять его смысл, нужно разобрать слово по частям. Корень «дой-» отсылает к глаголу «доить». Приставка «по-» может указывать на действие, совершаемое время от времени, или на объект, к которому это действие применяется. Суффикс «-ец» в древнерусском языке часто обозначал человека по его занятию или характерному признаку (ср. «кузнец», «ловец», «продавец»). Таким образом, Подойнец — это «тот, кто доит», то есть доильщик, пастух, занимающийся дойкой скота, либо человек, имеющий отношение к молочному хозяйству.

Версия, что прозвище могло быть ироничным и относиться к крикливому или назойливому человеку («подойник» — посуда для молока, но в переносном смысле так могли назвать приставучую личность), менее вероятна. Фамилии на «-ын» (в мужском роде «-ин») характерны для центральных и северных областей России. Суффикс «-цын» указывает на принадлежность: Подойнцын — сын или потомок Подойнца.

Фамилия редкая и не встречается в массовых списках дворянских родов. Скорее всего, Подойнцыны происходят из крестьянского или однодворческого сословия. Географически фамилия могла закрепиться в районах, где было развито молочное животноводство — например, в Вологодской, Ярославской или Рязанской губерниях. Других однокоренных фамилий, образованных от той же основы, в русском языке почти нет, что делает Подойнцына уникальным примером прозвища, напрямую связанного с конкретным и не самым престижным ремеслом.