Фамилия Подойнтцина — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает первоначальную звуковую форму. На слух она воспринимается как Подойнцына, и именно так её стоит разбирать. Основа здесь — не «подойник» или «подойница», а прозвище или мирское имя Подойница. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Подойнцын — буквально «сын Подойницы», а женская форма Подойнтцина закрепилась через брак или наследование.

Что могло значить прозвище Подойница? Скорее всего, оно связано с глаголом «доить» и существительным «подойник» — сосуд для молока. В русских говорах «подойницей» называли не только саму посуду, но и женщину, которая доит коров, то есть доярку. Прозвище могло пристать к человеку по роду занятий: предок мог быть пастухом, скотником или содержать молочное хозяйство. Однако не исключён и переносный смысл: «подойница» иногда звучало как насмешливое прозвище для человека, который постоянно что-то «цедит» — копит, скупится или говорит тягуче.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к бывшим Вологодской, Архангельской и Костромской губерниям, где молочное животноводство было основой хозяйства. Там же встречаются однокоренные фамилии Подойников, Подойницын, Подойниченко. Форма с буквой «т» (Подойнтцина) — результат поздней канцелярской записи: писарь на слух мог вставить лишнюю букву, чтобы подчеркнуть твёрдость произношения, или просто ошибся при переписывании. Такие искажения нередки для фамилий, которые долго бытовали в устной речи и записывались от случая к случаю.

Если сравнивать с более известными фамилиями, то Подойнтцина стоит в одном ряду с Дойниковым или Подойниковым — все они отсылают к крестьянскому быту, к повседневному труду с молоком. Дворянского происхождения у этой фамилии нет: она однозначно крестьянская или мещанская, что подтверждается её отсутствием в старых родословных книгах. Носительница такой фамилии может быть уверена: её предки были людьми дела, не чуждыми деревенской работы, а само прозвище, скорее всего, дали не в насмешку, а по заметной профессии.