Фамилия Подойницин — редкая и показательная: она образована от названия профессии, причём профессии не городской и не «благородной», а сугубо крестьянской, связанной с домашним хозяйством. В основе лежит слово «подойник» — так в русских говорах называли ведро или кувшин для доения коровы. Соответственно, Подойник — это прозвище человека, который делал подойники, торговал ими или, что вероятнее, просто постоянно носил этот предмет: дояр, пастух, хозяин большого стада. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Подойника» или «из семьи Подойника». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвище отца переходило к детям в форме краткого притяжательного прилагательного.

Интересно, что фамилия не имеет варианта с суффиксом -ов (Подойников), хотя оба суффикса конкурировали. -ин закрепился, скорее всего, из-за того, что основа оканчивалась на задненёбный согласный (к), и в ряде говоров форма на -ин была естественнее. Встречается она преимущественно в регионах старого русского заселения — в центральных областях, на Вятке, в Поволжье, но нигде не образует крупных гнёзд, оставаясь штучной.

Слово «подойник» в словарях фиксируется с XVIII века, но само занятие, конечно, древнее. Прозвище могло возникнуть и как ироничное: подойником в некоторых говорах называли болтливого человека («льёт как из подойника»), но эта версия менее убедительна — слишком конкретна бытовая привязка. Фамилия не имеет отношения к «подойнице» (устаревшее название коровницы), хотя внешнее сходство есть.

В дореволюционных источниках Подойницины встречаются среди государственных крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это чисто народная, «низовая» фамилия, и в этом её ценность: она сохранила память о труде, который кормил семью из поколения в поколение.