Фамилия Подпенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала массово вытеснять более древние патронимы. Суффикс -енко означал «маленький» или «сын», то есть Подпенко — это буквально «сын Подпа» или «маленький Подп». Но вот с основой «Подп-» всё сложнее: это не очевидное имя или прозвище, а скорее всего, усечение или диалектное произношение более полного слова.

Самый вероятный корень — от слова «подпа» или «подп», которое в южнорусских и украинских говорах могло быть вариантом «подпал» или «подпалок» — так называли молодого помощника пастуха, подпаска. В этом случае Подпенко — фамилия, указывающая на социальную роль предка: он был не просто пастухом, а его младшим напарником, учеником. Альтернативная версия связывает основу с глаголом «подпирать»: подпой называли подпорку, столб, поддерживающий строение. Прозвище Подпа могли дать высокому, прямому человеку или тому, кто занимался плотницким делом.

География фамилии подтверждает её украинское происхождение. Подпенко встречается преимущественно на Полтавщине, в Черкасской и Киевской областях, а также в соседних районах России, куда шла миграция крестьян в XIX веке. Интересно, что в старых метрических книгах фамилия могла писаться через «а» — Падпенко, что отражает акающее произношение, свойственное некоторым украинским говорам.

В отличие от многих фамилий на -енко, образованных от крестильных имён (Иваненко, Петренко), Подпенко стоит в ряду прозвищных фамилий, где основа — не имя, а занятие или внешность. Родственными по модели можно считать фамилии Подпалый, Подпалов, а по значению — Пастушенко, Чередниченко. Но если Пастушенко прямо указывает на пастуха, то Подпенко сохраняет оттенок «младшего», «подчинённого» — социальная лестница предков проступает через суффикс.