Фамилия Подпердышников — редкий и яркий пример того, как в русской ономастике закрепилось прозвище, данное за характерный звук или действие. Вопреки возможным догадкам, корень здесь не связан с чем-то неприличным в современном смысле, а восходит к диалектному глаголу «подпердывать» — то есть делать что-то рывками, прерывисто, с перебоями. В говорах так могли сказать о неровно работающем механизме, о хромой походке или о человеке, который говорит с запинками, «выпуская» слова.

Модель образования типична для русских фамилий: основа — прозвище Подпердыш (человек, которого так окрестили за манеру поведения или физическую особенность), суффикс -ник- указывал на принадлежность к группе или профессию (ср. плотник, охотник), а затем добавился патронимический суффикс -ов, превративший прозвище в наследственную фамилию. Буквально Подпердышников — «сын Подпердыша».

Встречается фамилия почти исключительно в центральных и северных областях России, особенно в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, где диалектная лексика была особенно богата. Там «подпердыш» могло быть не обидным ругательством, а бытовым, почти техническим термином. Например, в крестьянском быту так называли плохо сбитый, дребезжащий воз или человека, который при ходьбе припадал на одну ногу.

Социальный статус носителей этой фамилии — почти поголовно крестьяне и ремесленники. Дворянских родов Подпердышниковых не существовало, и в дореволюционных родословных книгах эта фамилия не встречается. Это чисто народное прозвищное имя, которое закрепилось за конкретными семьями в нескольких уездах. Сегодня фамилия крайне редка, и её носители, скорее всего, потомки тех самых северных крестьян, чья фамилия сохранила звук старого говора.