Фамилия Подрубный — редкий случай, когда прозвище почти без изменений перешло в фамилию, сохранив живую связь с ремеслом. В её основе лежит глагол «подрубить». В деревенском быту так называли человека, который занимался подрубкой — грубой обтёской брёвен, снятием коры и выравниванием сруба перед чистовой отделкой. Это была черновая, но необходимая работа плотника или лесоруба. Менее вероятно, но возможно, что прозвище относилось к портному или сапожнику: «подрубить» означало подшить край ткани или кожи.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна. Суффикс -н- превратил глагольную основу в прилагательное «подрубный» (то есть имеющий отношение к подрубке), а окончание -ый закрепилось в роли фамильного. Такие «чистые» прилагательные в роли фамилий (Подрубный, Подрезный, Подкопный) встречаются реже, чем патронимы на -ов или -ин, и указывают на то, что прозвище было устойчивым и характеризовало человека по занятию, а не по отцу.

Фамилия явно восточнославянская, скорее всего украинская или южнорусская. На это указывает окончание -ый (в великорусском севере чаще встречается вариант Подрубной с ударением на последний слог). В реестрах запорожских казаков и в переписях Черниговской губернии XIX века изредка фиксируются носители этой фамилии — преимущественно среди государственных крестьян и казачьей старшины, что подтверждает связь с плотницким или лесным промыслом.

В ономастике существует и более редкая версия — топонимическая. В некоторых говорах «подрубом» называли вырубку в лесу или участок, расчищенный под пашню. Тогда Подрубный — это человек, живший на такой вырубке, «под рубом». Но эта гипотеза слабее: прозвища по месту жительства обычно оформлялись суффиксами -ский/-цкий, а не -н-.

Фамилия Подрубный — наглядный пример того, как русский язык консервирует в фамилиях исчезнувшие профессии. Сегодня «подрубщик» — термин почти забытый, но в фамилии он продолжает жить, прямо указывая на предка-ремесленника, который работал топором начерно.