Фамилия Подубинский звучит так, будто её носитель родом из места под названием Дубино или Дубна. Но разбор показывает более точную картину. В основе фамилии лежит не географическое название, а прозвище или указание на конкретный локальный объект.

Ключевой элемент — приставка «По-». В русских фамилиях на -ский она часто указывает на местоположение: «тот, кто живёт под (у) чем-то». Подубинский — это человек, чей дом или участок находился «под дубом» или, что вероятнее, «под дубравой», то есть у подножия дубовой рощи. В топонимике такие названия давали хуторам и выселкам, стоявшим ниже по склону от дубового леса. Суффикс -ск- и окончание -ий — классическая модель для фамилий польского, украинского или западнорусского дворянства и духовенства, но в данном случае фамилия могла возникнуть и у крестьянина, переселившегося из деревни Подубье или Подубно.

Вторая версия, менее распространённая, — образование от топонима Подубинцы или Подубичи. Такие села известны на Волыни и в Беларуси. Если предок был выходцем оттуда, фамилия указывала на его прежнее место жительства: «Подубинский» — «прибывший из Подубина». В пользу этой гипотезы говорит типичная для польско-литовского региона модель фамилий на -инский (ср. Заблоцкий, Подольский).

Интересна редкая словообразовательная деталь: приставка «По-» здесь не сливается с корнем в единое целое, как в фамилии Поддубный, а сохраняет прозрачную структуру. Это говорит о том, что фамилия, скорее всего, оформилась в письменной среде (в метриках, реестрах) не позднее XVIII века, когда топонимические прозвища активно переводили в официальные фамилии. В бытовой речи носителя могли звать просто «Дубинским» или «Подубой», но в документах закрепилась полная форма.

В отличие от фамилии Поддубский (где двойное «д» указывает на непосредственную близость к дубу), Подубинский подчёркивает именно нахождение ниже, у подножия. Это могло быть различие между жителями одного села: Поддубские жили на холме, в дубраве, а Подубинские — в низине, под ней.