Фамилия Подубиенко — яркий пример того, как украинская модель словообразования накладывается на русскую или польскую основу. В ней сразу заметен типично украинский суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках был главным маркером «сына» или «потомка»: буквально «маленький Подубий» или «сын Подубого». Но чтобы понять корень, нужно разобрать первую часть.

Основа фамилии — «Подубий». Скорее всего, это прозвище, образованное от слов «под» и «дуб». В славянской ономастике такие составные прозвища не редкость: они описывали место жительства человека или его характерное занятие. «Подубий» — тот, кто живёт под дубом, либо человек, чей дом или двор стоял у большого дуба. Дуб в народной культуре — дерево мощное, священное, поэтому прозвище могло носить ироничный или уважительный оттенок. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: прозвище дали человеку, который работал с дубовой древесиной, например, бондарю или плотнику, но в таком случае чаще образовывали фамилии от названия профессии (Дубов, Дубинин), а не от оборота «под дубом».

Интересно, что фамилия Подубиенко практически не встречается в центральных и восточных областях России, зато заметна в исторических документах Левобережной Украины, особенно в Черниговской и Полтавской губерниях. Это объяснимо: суффикс -енко в этих землях в XVII–XVIII веках стал доминирующим при образовании фамилий у казаков и крестьян. Если ваш предок носил фамилию Подубиенко, он, скорее всего, происходил из малороссийского казачества или свободных крестьян-земледельцев, живших на хуторах. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это «народная» фамилия, без сословного герба.

У фамилии есть редкая особенность: ударение. В украинской традиции оно падает на последний слог — Подубие́нко, а в русском бытовании часто смещается на третий — Подуби́енко. Такая двойственность — обычное дело для фамилий, перешедших в русскую среду через документы и переписи. Если встретите вариант написания с одной «и» — Подубенко — это не ошибка, а диалектное упрощение, характерное для южных говоров, где «и» перед «е» часто редуцировалось.