Фамилия Подюскин — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается важнее, чем прозрачная этимология. В основе фамилии, скорее всего, лежит название населённого пункта: в России есть несколько деревень с названием Подюски, Подюскино, Подюс. Сами топонимы, в свою очередь, выводятся из диалектного слова «подюс» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли место под елью, еловый подрост или просто сырой, низкий лес. Таким образом, прозвище Подюска мог получить человек, живший в такой местности или выходец из соответствующей деревни.

Если смотреть на словообразовательную модель, то фамилия образована с помощью суффикса -ин. В русской ономастике этот суффикс присоединялся к основам, оканчивающимся на -а, -я. Поэтому исходная форма — прозвище или неканоническое имя Подюска. Это характерно для севернорусской и центральной традиции: Подюскин — буквально «сын или потомок Подюски».

Версия о связи с личным именем Подюс (как вариант имени Подосим или Пуд) менее вероятна, хотя полностью исключать её нельзя. В старых документах встречается имя Пуд (от латинского pudicus — скромный), но переход в «Подюс» фонетически неочевиден и не подкреплён массовыми записями. Поэтому прозвищно-топонимическое происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, нечастотная. Её география тяготеет к северным областям европейской части России — Вологодской, Архангельской, Кировской, а также к Уралу, куда в XIX веке переселялись крестьяне из тех мест. В списках дворянства или купечества Подюскины не значатся — это фамилия крестьянского сословия, возникшая, скорее всего, не раньше XVII–XVIII веков, когда закрепилась практика передачи прозвищ по наследству.