Фамилия Поендаева — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначному толкованию даже на уровне корня. В ней нет привычного славянского имени или названия профессии, что заставляет искать другие пути. Скорее всего, в основе лежит прозвище или искажённое диалектное слово, которое могло звучать как «Поендай» или «Поендей». Такие формы встречаются в северных и сибирских говорах и могут быть связаны с глаголом «поендать» — в некоторых местных наречиях это означало «шататься без дела», «бродить», «праздно ходить». Человек с таким прозвищем мог получить его за неспешный, рассеянный образ жизни или за привычку часто менять место.

Суффикс -ев- в окончании указывает на притяжательную модель: «чей?» — Поендаева. Это значит, что фамилия образована от прозвища отца, то есть предка звали Поендай. Окончание -а (женский род) говорит о том, что перед нами форма, закреплённая за женщиной — либо в документах, либо в бытовом употреблении. Сама фамилия почти не встречается за пределами нескольких регионов России, и её география узка: основные следы ведут в Архангельскую область и Забайкалье, где оседали переселенцы с Русского Севера.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским или финно-угорским «поен» (в значении «пастух» или «берег»). Но она слабая, потому что суффикс -дай/-дей нехарактерен для тюркских фамилий в русской адаптации, а для финно-угорских — слишком поздний. Поэтому первая гипотеза остаётся основной: Поендаева — это фамилия от прозвища, родившегося в народной речи, возможно, на стыке диалектов и местного юмора.