Фамилия Погунова — женская форма, а её мужской вариант, Погунов, образован по стандартной русской модели от прозвища или мирского имени. В основе лежит слово «погун», которое в диалектах русского языка имеет несколько значений, и разобраться в них — значит понять, кем мог быть дальний предок.

Самое вероятное объяснение отсылает к глаголу «гунить» — в ряде говоров это значит «гудеть», «жужжать» или «издавать протяжный звук». «Погун» — человек, который «погунивает», то есть напевает себе под нос, бормочет или, возможно, подражает звукам природы. Такое прозвище мог получить мечтательный, негромкий человек или, напротив, тот, кто постоянно что-то бубнит. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с диалектным «гунька» — ветхая одежда, рубище. Тогда Погуном могли назвать бедно одетого человека или того, кто носил старую, «погуненную» одежду. Третья, совсем редкая гипотеза, выводит основу из «гунь» — в некоторых областях так называли вид овса; в этом случае прозвище могло относиться к крестьянину, который сеял или молотил именно этот злак.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Погунов — сын Погуна. Фамилия фиксируется преимущественно в южнорусских и поволжских регионах, что подтверждает её диалектное происхождение. Встречаются и однокоренные фамилии — Гунов, Гункин, Погудкин — они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что говорит о живой народной словообразовательной традиции.

Сословная принадлежность Погуновых, скорее всего, крестьянская или однодворческая. Фамилия не относится к числу дворянских или книжных — она бытовая, прозвищная, а значит, её носители были простыми людьми, чьё прозвище закрепилось в документах XVII–XIX веков. Сегодня фамилия встречается нечасто, но её прозрачная внутренняя форма позволяет довольно уверенно реконструировать исходное прозвище — «погун», «гудящий» или «бормочущий».