Фамилия Прогунова — женская форма фамилии Прогунов, и её разбор стоит начать с неочевидной на первый взгляд основы. В ней слышится что-то от глагола «прогулять», но, скорее всего, корень глубже и старше. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?» — сын Прогуна), а окончание -а — на женский род. Значит, ключ к фамилии — прозвище или мирское имя Прогун.

Самая правдоподобная версия отсылает к диалектному глаголу «прогунать» или «прогунить» — в некоторых русских говорах это означало «издать гулкий звук», «прогудеть», «прогрохотать». Человек с таким прозвищем мог обладать зычным, громким голосом, или же его так прозвали за привычку громко разговаривать, кричать. Менее вероятна, но возможна связь с «прогульщиком»: в старину «прогуном» могли назвать ленивого работника, который часто отлынивал от дела, однако это значение появилось позже и было более литературным, а не деревенским.

Фамилия редкая, её география не широка. Встречается в основном в центральных и южных областях России, с некоторым тяготением к Воронежской и Ростовской областям. Это указывает на то, что фамилия бытовала в среде крестьян и, возможно, однодворцев — потомков служилых людей, поселенных на южных рубежах. Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ, и не несёт сословной окраски: такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Гунов (от «гун» — гул, шум). Прогунов — вариант с приставкой про-, которая в прозвищах часто усиливала значение или указывала на действие, совершённое «насквозь» или «до конца». Таким образом, Прогун — это не просто «гудящий», а тот, кто «прогудел насквозь», возможно, надоедливый или очень громкий человек. В словарях фамилия не зафиксирована у известных дворянских родов, что подтверждает её простонародное происхождение.