Фамилия Прогонова — женская форма фамилии Прогонов, и её происхождение неочевидно. В русском языке нет распространённого слова «прогон» в значении имени или прозвища, поэтому здесь возможны два пути: либо основа связана с профессиональной деятельностью, либо с диалектным или иноязычным корнем.

Самая прямая версия — от слова «прогон». В XIX веке прогоном называли плату за проезд по дороге, а также сам процесс перегона скота или лошадей. Фамилию могли дать сборщику такой платы, ямщику, который занимался перевозками, или пастуху, прогонявшему стада. В псковских и тверских говорах «прогон» означал ещё и узкий проход между домами или изгородями — прозвище мог получить человек, живший в таком переулке.

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от имени Прогон. Такое имя могло быть вариантом канонического Прокопий (в просторечии Прокоп и Прогон) — через чередование «к/г» и редукцию. Однако в словарях древнерусских имён эта форма не зафиксирована, что делает гипотезу слабой.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — «сын Прогона» или «из семьи Прогоновых». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Прого́нов.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных справочниках и современных базах она встречается единично, преимущественно в центральных и северных регионах России. Это говорит о том, что род, вероятно, был немногочисленным и локальным — возможно, крестьянским или мещанским из одной-двух губерний.

Если отталкиваться от прозвищного происхождения, то первый носитель фамилии Прогонов мог быть человеком, чья работа была связана с дорогой, перегоном или сбором пошлин. В любом случае, основа фамилии — живая, бытовая лексика, а не книжное или церковное слово.