Фамилия Прогонин — редкий случай, когда корень слова сохранил почти буквальное значение прозвища. Основа «прогон» в русских говорах имела несколько значений, и каждое из них могло стать источником фамилии. Самая вероятная версия связана с прогоном скота: прогонином называли пастуха, который гнал стадо на пастбище или на водопой. В северных и сибирских диалектах прогон — это ещё и длинная улица или дорога, по которой перегоняли животных. Человек, живший при таком прогоне или отвечавший за порядок на нём, получал прозвище Прогон, а его потомки — Прогонины.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Прогона». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на согласный. Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от слова «прогон» в значении «убыток, потеря» (от глагола «прогонять» в смысле «растратить»). В таком случае прозвище мог получить нерасчётливый хозяин, но это объяснение кажется натянутым: прозвища обычно давали по заметному признаку или занятию, а не по разовому событию.

Фамилия Прогонин нечастая, но географически разбросана. Встречается в Вологодской, Архангельской областях и в Сибири — как раз в тех регионах, где было развито отгонное скотоводство и существовали прогоны. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном крестьянами и мещанами, что подтверждает бытовое происхождение прозвища. Среди однокоренных фамилий — Прогонов, Прогонский, но Прогонин сохранил архаичную суффиксальную форму, которая реже встречается у фамилий от названий занятий.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень «прогон» плюс фамильный суффикс «-ин». Ударение обычно падает на второй слог: Прого́нин. В современной России фамилия не входит в сотни самых распространённых, но её носители есть в разных регионах, что говорит о независимом возникновении в нескольких местах.