Фамилия Прогонов — редкий случай, где за простой на вид основой стоит не одно, а два совершенно разных объяснения. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобраться, что значило слово «прогон» в русских говорах.

Первая и самая прямая версия — профессиональное прозвище. Прогоном в крестьянском быту называли длинный шест или жердь, которой управляли лошадьми в упряжке. В этом случае Прогон — человек, который погонял лошадей, возчик, ямщик. В некоторых регионах так могли прозвать и пастуха, который гнал стадо на выпас. Суффикс -ов указывает на принадлежность: сын Прогона.

Вторая версия менее очевидная, но не менее весомая. В русских диалектах, особенно в южных и западных областях, «прогоном» называли не предмет, а дорогу или просеку — узкий проход, по которому прогоняли скот. В таком случае прозвище Прогон мог получить человек, живший у такого прогона, владевший землёй на этой полосе или надзиравший за этим участком. Фамилия возникла бы не от ремесла, а от места жительства.

Словообразовательная модель здесь типична: от именования на -о (Прогон) через притяжательное прилагательное с суффиксом -ов. По частоте такая схема свойственна в основном крестьянским и мещанским фамилиям центральной России, что косвенно подтверждает бытовое, а не боярское происхождение рода.

Менее правдоподобна связь с глаголом «прогонять» в переносном смысле — например, прозвище для сварливого человека, который всех прогонял. В ономастике такие версии обычно возникают, когда нет других данных, но здесь есть два конкретных бытовых значения, поэтому к метафорам прибегать не стоит.

Авторитетные словари русских фамилий (например, работы Б. Унбегауна) прямо не разбирают «Прогонов», но модель с основой «прогон» укладывается в общий ряд фамилий от названий орудий труда и дорожных терминов. Встречаемость фамилии невысокая, что характерно для узколокальных прозвищ, не разошедшихся широко по стране.

В итоге: если ваши предки — Прогоновы, скорее всего, в основе лежит либо работа с лошадьми (ямщик, возчик), либо прозвище по месту жительства у прогона для скота. Оба варианта ведут в крестьянскую среду XIX века, без дворянских корней.