Фамилия Покопенко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так. Её выдает суффикс -енко, который в XVII–XVIII веках был главным маркером украинского казачества и крестьянства, обозначая «маленького», «сына» или «потомка» человека по имени или прозвищу. В русском языке аналогом был бы суффикс -ов/-ев, а в польском — -ович/-евич. Так что Покопенко — это буквально «сын Покопа» или «маленький Покоп».

Корень фамилии — Покоп. Здесь нет однозначного ответа, и это как раз тот случай, когда стоит рассмотреть две версии. Первая, самая прямая: прозвище Покоп мог получить человек, который занимался копанием — колодцев, погребов, канав. В украинских говорах слово «покоп» могло означать и неглубокий ров, и насыпь, и даже могилу. Вторая версия сложнее: возможно, это сокращенная или искаженная форма от канонического имени Прокопий (в народе — Прокоп, Прокофий). В украинской традиции имя Прокоп было очень распространено, и от него пошли фамилии Прокопенко, Прокопчук. Покопенко могло возникнуть как упрощенный вариант: отсекли первый слог, и осталось «Покоп».

Интересно, что фамилия Покопенко встречается почти исключительно в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской. Это подтверждает её крестьянское происхождение — именно в этих регионах в XIX веке активно шла фиксация фамилий за бывшими казаками и государственными крестьянами. В России она редка и обычно появляется в результате переселений или браков.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Покопенко стоит в одном ряду с Покопцевым, Покоповым и Покопайло. Первые две — русские варианты с той же основой, а третья — украинская фамилия с суффиксом -айло, который давал прозвищам оттенок деятеля («тот, кто копает»). Но Покопенко — самая массовая из них, что говорит о том, что прозвище Покоп было нередким. В целом, носитель фамилии Покопенко почти наверняка имеет предка из украинского села, который либо копал что-то, либо носил имя Прокоп, которое в быту сократили до Покопа.