Фамилия Полифорова — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и не географическое название, а имя собственное, пришедшее из греческого языка через церковную традицию. В её корне — мужское имя Полифор (женская форма — Полифора), которое в святцах встречается крайне редко. Греческое Πολύφορος (Polýphoros) складывается из πολύς — «много» и φέρω — «нести», то есть буквально «много несущий», «плодоносный». В православном календаре известен мученик Полифор, пострадавший за веру в III веке, но имя это никогда не было массовым — оно осталось в разряде редких, почти забытых.

По модели образования фамилия Полифорова — типичная «матрешка»: к полной церковной форме имени Полифор добавили стандартный русский суффикс -ов, а затем женское окончание -а. В крестьянской и мещанской среде такие фамилии нередко давали по имени отца, если он был грамотным или уважаемым человеком, но чаще всего они закреплялись за семьями духовного сословия. Дело в том, что редкие греческие имена вроде Полифор, Исидор, Феодул были характерны именно для среды священнослужителей, которые при поступлении в семинарию нередко меняли «простонародные» фамилии на более благочестивые или книжные. Поэтому предок носительницы фамилии Полифорова с высокой вероятностью был либо самим священником с таким редким именем, либо его сыном, получившим фамилию от отца.

Географически фамилия Полифорова встречается точечно, без привязки к какой-то одной губернии. В дореволюционных метрических книгах её можно найти в разных уголках России — от центральных губерний до Поволжья, но везде как единичный случай. Это подтверждает, что фамилия не возникла в одном селе и не разошлась по округе, а появлялась независимо в разных семьях духовенства, где давали имя Полифор. Сейчас она тоже остаётся редкой: по открытым данным, в России её носят, вероятно, не более нескольких сотен человек.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила полную, а не усечённую форму имени. В русской традиции редкие церковные имена часто сокращали на бытовом уровне (Полифор мог превратиться в Полика или Полина), но в фамилии закрепился именно книжный, полный вариант. Это лишний раз указывает на письменную, а не устную фиксацию — скорее всего, фамилию записали в документах со слов самого носителя или по церковным книгам, где имя стояло без искажений.