Фамилия Полкунов — яркий пример того, как в русской фамилии может отразиться не имя или профессия, а военная реалия. Её основа — слово «полк». Это сразу задаёт направление поиска: предок носителя этой фамилии был как-то связан с военным делом.

Самый прямой путь образования — от прозвища Полк или Полкан. В древнерусском языке «полкъ» означало не только воинское подразделение, но и поход, войско, битву. Прозвище Полк могли дать человеку, который участвовал в крупных военных кампаниях, служил в полку, а может, и просто обладал статью и осанкой, подобающей ратнику. Форма Полкунов — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ов, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Полкуна. А Полкун — это уменьшительно-ласкательный или обиходный вариант от того же Полка, похожий на то, как Иван превращается в Ивана, а Пётр — в Петруна.

Версия, что фамилия происходит от крестильного имени, маловероятна. В святцах нет имени Полк или Полкун. Некоторые исследователи допускают связь с диалектным глаголом «полкать» (толкать, пихать), но это гипотеза без серьёзной опоры. Куда надёжнее держаться военного корня: Полкунов — потомок человека, которого в народе звали Полкуном, то есть «маленьким полком» или «служивым».

С географической точки зрения фамилия не привязана к одному региону, но чаще встречается в областях, где исторически стояли крупные гарнизоны и проходили военные пути, — в центральной России и на юге. Сословной привязки нет: прозвище могли дать и стрельцу, и казаку, и крестьянину, которого забрали в рекруты. В итоге Полкуновы — это потомки тех, кто «от полка», то есть людей военных, и фамилия эта звучит как краткая запись в летописи русской службы.