Фамилия Полкуновы образована от прозвища или нецерковного имени Полкун. В основе лежит древнерусское слово «полкъ» — военный отряд, войско, а также поход. Слово «полкун» в старину могло означать человека, имеющего отношение к полку: ратника, воина, а возможно, и того, кто собирал или вёл полк. Встречается версия, что Полкун — это вариант имени Полкан, которое было распространено на Руси и происходит от итальянского имени Пульчинелла, но для фамилии Полкуновых связь с «полком» выглядит более прямой и объяснимой.

Фамилия оформлена по стандартной патронимической модели: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, а окончание -ы указывает на множественное число, то есть на принадлежность роду или семье. В русской традиции фамилии на -овы и -евы — самые массовые, они означали «чьи будете?»: Полкуновы — дети, потомки Полкуна.

Географически фамилия редкая. Встречается в центральных и южных регионах России, в частности в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. В дореволюционных переписях Полкуновы записаны в основном как крестьяне и однодворцы — особое сословие южных окраин, сочетавшее черты крестьян и мелких служилых людей. Это косвенно подтверждает военную подоплёку прозвища: однодворцы несли сторожевую службу на границах государства.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Полковников, Полков — показывает, что Полкуновы стоят особняком. Если Полковников прямо указывает на должность командира полка, а Полков — на принадлежность к военной части, то Полкун звучит как личное прозвище, более разговорное и бытовое. Возможно, его дали не за чин, а за характер — драчливому или задиристому человеку, который «ходил как на полк», то есть был готов к бою.

Таким образом, фамилия Полкуновы — не про аристократию и не про географию, а про личное качество или занятие предка. Единственное, что можно сказать с уверенностью: её носители вели происхождение от человека по прозвищу Полкун, и это прозвище в XVI–XVII веках звучало для русского уха вполне привычно.