Фамилия Полужонкова, при всей своей редкости, прозрачна по составу. В её основе лежит прозвище Полужонок. Разберём словообразовательную модель: корень «пол-» указывает на половину, неполноту, а «-жонок» — это диалектный или просторечный вариант слова «жёнка» (жена). Таким образом, Полужонок — это человек, который состоит в неполном, неофициальном или неокончательном браке. В крестьянской среде так могли назвать мужчину, живущего с женщиной без венчания, или того, чья жена ушла, умерла, либо брак был каким-то образом ущербным с точки зрения общины. Суффикс «-ок» в прозвище придаёт оттенок уменьшительности или пренебрежения, закрепляя за человеком бытовую характеристику.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Полужонок добавился суффикс притяжательности «-ов», а финальное «-а» указывает на женский род носительницы. То есть Полужонкова — это буквально «дочь (или жена) Полужонка». Такая форма характерна для фамилий, которые закрепились в документах уже за женщинами, либо для случаев, когда фамилия передавалась по женской линии. Мужской вариант фамилии — Полужонков.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где слово «жона» (жена) и производные от него были распространены шире, чем в северных регионах. Встречается она в основном в документах по Курской, Белгородской и Воронежской областям. В этих краях прозвища, отражающие семейное положение, были обычным делом: неженатого парня звали «холостяк», а того, кто жил с женщиной без церковного брака, — «полужонок». Фамилия не имеет отношения к дворянству или известным историческим родам — это типичная крестьянская фамилия, возникшая в среде, где семейный статус был важной социальной меткой.

В отличие от фамилий, образованных от церковных имён или названий ремёсел, Полужонкова сразу выводит на бытовую ситуацию. Это не прозвище по профессии и не патроним, а именно характеристика образа жизни предка. Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилию Жонкин (от «жонка») или Полуженов, но Полужонков — более точный и редкий вариант, сохранивший диалектное произношение.