Фамилия Пониматченко — яркий пример восточноукраинской модели образования фамилий, в основе которой лежит не имя или профессия, а глагол и прозвище по действию. Её ядро — глагол «понимать» в значении «постигать умом, догадываться, быть смышлёным». Человек, которого в среде казаков или крестьян прозвали Пониматкой, мог быть сообразительным, хитрым или, наоборот, тем, кто всё схватывал на лету. Впрочем, в диалектах у слова «понимать» были и другие оттенки: например, «понимать» означало «взять, ухватить» (ср. «понять в руки»), так что прозвище могло относиться к человеку хваткому или даже к тому, кто любил присваивать чужое.

Суффикс -енко — типичный для украинской антропонимии, особенно для земель Левобережной Украины и Слобожанщины. Он указывает на происхождение по отцу: «Пониматченко» буквально «сын Пониматки» (где -ат- — уменьшительно-ласкательный суффиксальный элемент, как в «бородатко» или «маленький»). Такая модель была особенно продуктивна в XVII–XVIII веках среди казацкой старшины и мещан, но встречалась и у крестьян. То есть первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном человека по прозвищу Пониматка.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые часто закреплялись за боярами и дворянами, фамилии на -енко долго оставались полуофициальными и фиксировались в реестрах Войска Запорожского, метрических книгах и ревизских сказках. Поэтому географически Пониматченко тяготеет к Полтавщине, Черниговщине, Сумщине и Харьковщине. В российских губерниях эта фамилия почти не встречается — её принесли туда только переселенцы конца XIX — начала XX века.

Интересно, что фамилия не породила множества однокоренных вариантов вроде Понимаев или Пониматкин, что говорит о её локальности. Встречается также написание с одной «н» — «Поматченко», но это поздняя ошибка переписчиков, связанная с аканьем и упрощением группы согласных. Исходная форма с «Понимат-» — единственно верная с точки зрения словообразования.

Таким образом, Пониматченко — это не просто «сын понимающего», а фамилия, родившаяся в казацкой среде, где прозвища давали по живому наблюдению за характером или повадками человека. Носитель этой фамилии может с высокой вероятностью считать своими предками жителей украинского Левобережья, возможно, из числа реестровых казаков или свободных крестьян.