Фамилия Понтюшкина — женская форма, а мужская, Понтюшкин, образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на родство или свойство: Понтюшкин буквально значит «сын Понтюшки» или «человек из семьи Понтюшки». Основа фамилии — личное имя или прозвище Понтюшка, которое само по себе редкость и заслуживает отдельного разбора.

Понтюшка — это уменьшительно-ласкательная форма от одного из крестильных имён, скорее всего, от Пантелеимон (в народном произношении Пантелей) или от Понтий. Имя Пантелеймон, греческого происхождения («всемилостивый»), в русской традиции давало множество производных: Пантя, Пантюха, Пантюша, а Понтюшка — его фонетический вариант, где «а» перешло в «о» под влиянием акающего говора. Вторая версия — от имени Понтий (лат. «морской», «понтийский»), которое встречалось в святцах, но было редким. В пользу Пантелеимона говорит распространённость этого имени в крестьянской среде: святой Пантелеимон-целитель почитался как защитник от болезней, и детей называли в его честь часто.

Суффикс -юшк- в основе (Понтюшка) — характерная черта севернорусских и некоторых центральных говоров, где так образовывали ласкательные формы имён: Иван — Иванюшка, Пётр — Петрюшка. Соответственно, фамилия Понтюшкин могла закрепиться именно в этих регионах. В официальных документах XVIII–XIX веков такую фамилию мог получить крестьянин или мещанин, чьего отца или деда в быту звали Понтюшкой. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — она осталась в простонародной среде.

Интересно, что фамилия Понтюшкин избежала переосмысления через слово «понт» (от греч. «море» или жаргонного «понт» — показная роскошь). Это говорит о её чисто антропонимическом, а не прозвищном происхождении: предок носителя фамилии был не «понтярой», а просто сыном Пантелея, которого ласково называли Понтюшкой. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждает её корни в крестьянской среде XIX века.