Фамилия Попердущенко — яркий пример того, как в украинской антропонимии прозвище могло превратиться в наследственное имя, сохранив при этом свою первоначальную экспрессию. Основа фамилии — глагол «пердіти» (пускать газы) с приставкой «по-», что в сумме даёт значение «тот, кто попускает ветры». Суффикс «-енк-» — типичный украинский патронимический формант, который первоначально означал «сын» или «потомок» (как в фамилиях Шевченко, Тимошенко). Таким образом, Попердущенко — это «сын того, кого прозвали Попердух» или «потомок Попердуха».

Вероятнее всего, прозвище Попердух (или Попердушка) дали человеку с заметной физиологической особенностью — возможно, излишней ветреностью, которая бросалась в глаза окружающим. В народной среде такие прозвища не несли однозначно оскорбительного смысла, а скорее фиксировали характерную черту для узнавания. Ономаст В. Никонов в своих работах отмечал, что «телесные» прозвища в украинской традиции были обычным делом и часто закреплялись за целыми родами.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс «-енко» наиболее распространён. Встречаются варианты написания: Попердущенко, Попердющенко — что связано с диалектными особенностями произношения. В России эта фамилия редка и обычно принадлежит потомкам переселенцев с Украины.

В отличие от многих «благозвучных» фамилий, Попердущенко не скрывает своего происхождения. Это редкий случай, когда язык сохранил прозвище в почти неизменном виде, не пытаясь его облагородить или переосмыслить. Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане — прозвище не связано с профессией или социальным статусом.