Фамилия Поплишкан — редкая, но при этом прозрачная по своей структуре. Её основа — слово «поп» (священник), а суффикс -ишк- вносит пренебрежительный или уменьшительный оттенок. Конечное -ан — характерный молдавский и украинский фамильный суффикс, указывающий на происхождение: Поплишкан — это «сын (или потомок) попишки», то есть человека, которого в быту называли Поплишка. Само прозвище Поплишка могло означать либо молодого, неопытного попа, либо попа невысокого роста или с комичной внешностью, либо просто ироничное обращение к священнику.

Фамилия явно восточно-романского (молдавского) или юго-западного украинского происхождения. Суффикс -ан в молдавском языке — один из самых распространённых при образовании фамилий (сравните: Гроссу → Гроссулан, Турку → Туркулец). В украинском языке этот суффикс тоже встречается, но реже. Таким образом, географически фамилию стоит искать в Молдове, на Буковине, в Одесской или Черновицкой областях. Написание с конечным -шкан (а не, скажем, -шко) окончательно закрепляет её за молдавской или румынской традицией.

Словообразовательная модель Поплишкан — трёхчастная: корень поп- + суффикс субъективной оценки -ишк- + патронимический суффикс -ан. Это нестандартная модель для русских фамилий, где обычно используется -ов или -ин. Поэтому фамилия Поплишкан — яркий пример того, как местное прозвище, пропущенное через региональные словообразовательные нормы, превратилось в наследственную фамилию.

Других версий происхождения, по сути, нет. Спекуляции о связи с литовским или немецким языками были бы натяжкой: основа «поп» слишком очевидна, а суффиксальный аппарат — типично молдавский. Вероятно, первый носитель фамилии был либо сыном священника, которого в округе звали Поплишкой, либо сам носил такое прозвище за какую-то черту, связанную с церковью.

В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не встречается за пределами Бессарабской губернии и Хотинского уезда. После 1918 года, с включением Бессарабии в состав Румынии, фамилия могла писаться как Poplișcan — с румынской буквой ș. В советское время написание русифицировали, закрепив современный вариант.