Фамилия Порубоченко — украинская по происхождению, что сразу видно по суффиксу -енко. В украинской ономастике этот суффикс указывал на сына или потомка человека, названного в основе: Порубоченко буквально значит «сын Порубочка» или «маленький Порубоченко». Но чтобы понять, кто такой этот Порубочек, нужно разобраться с корнем.

Основа «Поруб-» восходит к глаголу «порубать» (рубить, срубить, нарубить). В украинских говорах «поруб» означал вырубку в лесу, место, где срубили деревья, или же сам процесс рубки. Прозвище Поруб, Поруба или Порубочко могли дать лесорубу, дровосеку или человеку, жившему возле вырубки. Не исключён и переносный смысл: «порубанный» — раненый саблей или топором, что могло относиться к бывшему воину со шрамом.

Суффикс -очк- в основе «Порубочко» — уменьшительно-ласкательный, характерный для украинских прозвищ. Порубочко — это не просто Поруб, а скорее «маленький рубщик» или, возможно, сын Поруба. Затем к этому прозвищу добавили фамильный суффикс -енко, и получилась фамилия Порубоченко. Такой двойной суффикс (сначала уменьшительный, потом патронимический) — типичная украинская модель, встречающаяся, например, в фамилиях Коваленко (от Коваль) или Шевченко (от Швець).

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где суффикс -енко был особенно распространён. В России фамилия встречается редко, чаще всего у потомков переселенцев с Украины.

Других версий, связывающих фамилию, например, с польским «poręba» (просека) или с личным именем Порфирий (через сокращение Поруб), нет оснований рассматривать всерьёз — они не объясняют ни суффикса -очк-, ни типично украинского окончания. Самая прямая и логичная версия — прозвище по занятию: предок носителя фамилии был лесорубом или жил на лесной вырубке.