Фамилия Праксеина — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а напрямую греческое слово «праксис» (πρᾶξις), означающее «дело, действие, практика». В русской ономастике такие фамилии обычно образовывались от крестильных имён, но здесь иная ситуация: имя Праксея (женская форма Пракседа) в святцах есть, однако оно восходит к тому же корню и означает «деятельная». Таким образом, фамилия Праксеина — это притяжательное прилагательное с суффиксом -ин, отвечающее на вопрос «чей?»: чья? — Праксеина, то есть дочь или жена человека по прозвищу или имени Праксея.

Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Если основа мужского имени оканчивалась на гласный, фамилия получала именно такое окончание. Например, от имени Праксея (разговорная форма от Праксед) — Праксеин. Женская форма Праксеина закрепилась в документах как фамилия, хотя по правилам русского языка она должна была бы звучать как Праксеин (без -а на конце). Вероятно, в какой-то момент переписчики или носители зафиксировали именно женский вариант, что встречается в северных и сибирских говорах, где фамилии на -ина нередко становились неизменяемыми.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где были распространены старообрядческие общины. Имя Праксея (Прасковья в народной форме) часто встречалось именно в среде староверов, ценивших редкие календарные имена. Предок носителя фамилии мог быть либо выходцем из духовного сословия (где греческие имена давали при постриге), либо крестьянином, получившим прозвище за деловитость и практичность — «Праксея» в бытовом смысле означала человека, который всё делает основательно, без лишних слов.

В отличие от фамилий на -ский, которые указывали на географическое происхождение, Праксеина — чисто патронимическая или прозвищная, без привязки к местности. Это значит, что её носители могли жить в разных губерниях, но объединяло их одно: фамилия закрепилась в документах не позднее XVII века, когда шла активная фиксация крестьянских фамилий в писцовых книгах. Спорных версий здесь немного: попытки связать фамилию с латинским «praxis» или с польским «praktyk» маловероятны, так как слово пришло в русский язык именно из греческого через церковную лексику.