Фамилия Пракуда — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы. Она сохранила форму, в которой её впервые зафиксировали в качестве именования человека. Это так называемая «нетрансформированная» фамилия, и её основа — древнее славянское прозвище.

Корень «куда» в древнерусском языке не имел современного вопросительного значения. Слово «куда» или «куд» означало «колдун», «чародей», «знахарь». Приставка «пра-» в данном случае — усилительная частица, указывающая на степень качества. Получается, что «Пракуда» — это не «очень колдун», а скорее «главный колдун», «старший знахарь» или «человек, сведущий в тайных знаниях». В говорах слово «пракуда» могло также обозначать «пройдоха» или «хитрец», что часто бывает вторичным переосмыслением образа колдуна.

Вероятнее всего, фамилия зародилась в среде северных или центральных русских говоров, где слово «куда» в значении «колдун» было особенно распространено. Предок носителя фамилии, скорее всего, был либо деревенским знахарем, которого уважали и побаивались, либо человеком с репутацией хитрого и изворотливого, за что и получил такое прозвище. В документах фамилия практически не встречается, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной-двух волостях.

Стоит отметить, что в польском языке существует фамилия Prakuda, но её этимология иная — она восходит к глаголу «kudać» («кудахтать») и имеет пренебрежительный оттенок. Для русской фамилии Пракуда это объяснение маловероятно, так как приставка «пра-» в таком контексте нехарактерна. Таким образом, самая убедительная версия — связь с колдовством и знахарством, что делает фамилию Пракуда одним из немногих напоминаний о дохристианских верованиях, застывших в русском ономастиконе.