Фамилия Пракудин образована от прозвища или нецерковного имени Пракуда. В её основе лежит древнерусское слово «прокуда» — так в северных и центральных говорах называли проказника, шалуна, а иногда и колдуна, знахаря. В словаре Владимира Даля «прокудить» значит «проказить, шалить, пакостить», а «прокуда» — это и шалость, и сам проказник. Фамилия Пракудин закрепилась в форме с начальным «пра-» вместо ожидаемого «про-»: такое чередование гласных — не редкость в русской диалектной фонетике, особенно в северных и сибирских говорах, где «о» в безударном положении могло переходить в «а» и наоборот.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Пракудин буквально означает «сын Пракуды» или «из рода Пракуды». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а. По той же схеме сложились фамилии Прокудин, Прокофьев, но в случае Пракудина исходное прозвище было менее распространённым.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей Северной Руси. Прозвище Пракуда могли дать человеку с живым, озорным нравом — не обязательно со злым умыслом, скорее за склонность к проказам и розыгрышам. В некоторых областях «прокудой» называли и нечистую силу, но в ономастике чаще ссылаются на бытовое значение «проказник».

Фамилия Пракудин встречается реже, чем однокоренная Прокудин. Если Прокудины широко расселились по всей России, то Пракудины — более локальная ветвь. В переписных книгах XVII–XVIII веков она фиксируется в основном в Вологодской и Архангельской губерниях, что подтверждает северное происхождение. В современной России носители фамилии живут преимущественно в тех же регионах, а также в Сибири, куда переселялись крестьяне из Поморья.

Исследователь русских фамилий Борис Унбегаун в своей работе «Русские фамилии» относит Прокудина к группе фамилий от прозвищ, но не выделяет Пракудина отдельно — это говорит о том, что вариант с «а» остаётся диалектным и менее изученным. Однако для носителя фамилии это не недостаток, а скорее особенность, которая связывает его род с конкретной говорящей традицией Русского Севера.