Фамилия Пакудин — редкая и неочевидная. С первого взгляда она кажется образованной от имени или прозвища, но здесь есть нюанс: в русской ономастике почти не встречается основа «пакуда» или «пакуд». Поэтому логичнее всего разобрать фамилию через суффикс и возможные искажения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пакудин — «чей?» — сын или потомок Пакуды. Но что такое Пакуда? Скорее всего, это не самостоятельное древнерусское имя, а диалектная или искажённая форма. В северных и сибирских говорах слово «пакуда» могло означать «порча, вред, пакость» (сравните с «пакостить»). Тогда прозвище Пакуда давали человеку с неспокойным, озорным или даже зловредным характером. Такие прозвища были распространены в крестьянской среде как обереги или, наоборот, как точные характеристики: Пакуда — тот, кто «пакудит», то есть проказничает или вредит.

Версия с искажением тоже имеет право на жизнь. Фамилия могла возникнуть от имени Пахом (разговорное Пахомка → Пахуда → Пакуда). В этом случае Пакудин — тот же Пахомов, но в необычной фонетической обработке. Такое встречается: например, фамилия Пакулов иногда возводится к имени Павел или Пахом. Ещё один вариант — связь с тюркским именем Бакуда (встречается у татар и башкир), которое при адаптации могло превратиться в Пакуду. Но это менее вероятно: суффикс -ин типичен для русских фамилий, а не для тюркских.

География фамилии тоже подсказывает её происхождение. Пакудины встречаются в основном на Русском Севере (Архангельская, Вологодская области) и в Сибири. Это регионы, где сохранились архаичные говоры и где прозвища часто переходили в фамилии напрямую, без вмешательства церковных имён. В переписных книгах XVII века Пакудины могли быть крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, фамилия Пакудин, скорее всего, происходит от прозвища Пакуда, данного за шаловливый или неугомонный нрав. Это редкий случай, когда в основе лежит не имя, а диалектное слово, и фамилия сохранила его в почти неизменном виде.