Фамилия Пакутина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах как основная, а мужская (Пакутин) встречается реже. Такое бывает, если в XVIII–XIX веках в семье не было сыновей или запись в метрической книге сделали по матери-вдове. Но по модели образования это стопроцентная «матронимическая» фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, а основа — женское имя или прозвище Пакута.

С корнем сложнее. В говорах северо-запада (Псковщина, Новгородчина) «пакута» могло означать «узел», «свёрток» или «клубок» — от диалектного глагола «пакутать» (закутывать, обматывать). Тогда прозвище дали либо неопрятному человеку, который ходил в бесформенной одежде, либо, наоборот, тому, кто хорошо упаковывал товары — например, коробейнику или лавочнику. Вторая версия: Пакута — уменьшительная форма от канонического имени Пахомий (в народе — Пахом). В русской традиции Пахома часто звали Пахомкой, а в некоторых диалектах — Пакутой, с заменой «х» на «к». Фамилии от Пахома распространены (Пахомов, Пахомин), а Пакутин — их редкий диалектный вариант.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с тюркским «пакут» (драгоценный камень, яхонт). Но для крестьянской фамилии центральной России это натяжка: такие заимствования обычно встречаются в купеческой или дворянской среде, а Пакутины — почти поголовно крестьяне, судя по переписям XIX века. Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской губерниям, что подтверждает северное происхождение: там и диалект «пакутать» жив до сих пор, и имя Пахом было в ходу у старообрядцев.