Фамилия Папутина звучит на слух как принадлежащая женщине — и это верно: в такой форме она закрепилась за представительницами женского пола. Мужской вариант — Папутин. Оба образованы по простой и распространённой модели: к основе добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — Папутин, то есть сын или потомок Папуты). Вся суть фамилии, таким образом, упирается в прозвище или имя Папута.

Сразу возникает вопрос: что такое «папута»? В русских говорах это слово не было широко распространено, но имело вполне конкретное значение. В словарях диалектной лексики «папута» — это неопрятный, неряшливый человек, иногда также разиня или ротозей. Прозвище давали тому, кто ходил небрежно одетым, не следил за собой или постоянно что-то терял. В этом случае фамилия Папутин — из разряда «охранительных» или просто описательных: предка прозвали по внешнему виду или манере поведения.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых регионах «папута» могло быть ласкательным или уменьшительным обращением к отцу (от «папа»). По аналогии с тем, как «дедута» или «бабута» — это ласковые названия деда и бабки. Если так, то прозвище Папута означало «папочка» и могло закрепиться за человеком, который был особенно заботливым отцом или просто имел мягкий, отеческий характер. Однако эта версия слабее: подобные формы чаще встречаются в украинской и белорусской традиции, а в русской фамилии, скорее всего, отразилось именно прозвище по недостатку.

Географически фамилия Папутин встречается нечасто, но её следы можно найти в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. Встречается и родственная фамилия Папутин с ударением на второй слог, но это уже вопрос местного произношения.

Словообразовательно фамилия проста: основа Папут- плюс суффикс -ин. Ударение в исходном прозвище, скорее всего, падало на первый слог — Пáпута, что подтверждается и современным произношением фамилии. Если сравнивать с однокоренными, то в русских фамилиях есть Папунов, Папушкин, но все они образованы от разных основ: от «папа», от «папушка» (хлеб) и т.д. Папутин стоит особняком именно из-за диалектного корня.

В целом, носитель фамилии Папутин может с высокой вероятностью считать, что его предок получил прозвище за небрежность в одежде или поведении — не самое лестное, но живое и меткое, каких в русской ономастике тысячи.