Фамилия Папутин образована от прозвища Папута, и в её основе лежит сразу две plausible версии, которые стоит разобрать по порядку. Первая отсылает к названию гриба «попута» — так в народе называли род пластинчатых грибов семейства Сыроежковые. Если следовать этой версии, прозвище Папута закрепилось либо за заядлым грибником, который знал все лесные места и возвращался с полной корзиной, либо за торговцем, который возил эти грибы на рынок. Вторая версия ведёт к глаголу «папушить» — так говорили про связывание табачных листьев в пучки, которые назывались папуши. Тогда Папутой могли прозвать человека, занятого сбором, сушкой или продажей табака.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Папутин значит «сын Папуты», «из семьи Папуты». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным гласным, и она же встречается у множества других родовых имён. Какая из версий правдоподобнее — сказать трудно, но грибная выглядит более органичной: слово «попута» бытовало в диалектах шире, чем редкий профессиональный термин табачников. Впрочем, обе версии рисуют портрет предка как человека, связанного с дарами природы — лесом или полем.

Само прозвище Папута звучит ласково, почти уменьшительно, что характерно для бытовых имён, которые давали не в обиду, а по привычке или с лёгкой иронией. Фамилия встречается нечасто, и это тоже говорит о её прозвищном, а не географическом происхождении: она закрепилась за одним родом, а не за целым регионом. Потомки Папуты со временем утратили связь с грибами или табаком, но сохранили память о предке в своей фамилии — короткой, звонкой и не самой распространённой.