Фамилия Папутин образована от прозвища Папута, которое восходит к названию гриба «попута». Попута — это род пластинчатых грибов семейства Сыроежковые. Так, предок обладателя фамилии Папутин был заядлым грибником. Кроме того, Папутой могли прозвать и торговца грибами. Согласно другой версии, прозвище Папута восходит к глаголу «папушить», что означает «связывать табак в папуши, то есть пучки». В этом случае, Папутой могли прозвать того, кто занимался сбором и сушкой, либо продажей табачных листьев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Папута, со временем получил фамилию Папутин.