Фамилия Папутины образована от личного прозвища Папута — так на Руси называли человека, чей род занятий или привычка легли в основу семейного имени. Вопреки возможной ассоциации с детским лепетом, корень здесь совсем не «папа», а более древний и конкретный.

Первая и самая правдоподобная версия связывает прозвище с грибом попута. Так в народе называли один из видов пластинчатых грибов семейства Сыроежковые. Если предок носил прозвище Папута, он либо был заядлым грибником, знающим лесные тропы, либо торговал грибами на рынке. Для северных и центральных губерний России, где грибной промысел кормил целые деревни, такое прозвище было бы естественным и понятным соседям.

Вторая версия отсылает к глаголу «папушить» — связывать табак в папуши, то есть пучки. В этом случае Папутой называли человека, занятого сбором, сушкой или продажей табачного листа. Версия менее распространённая, но имеет право на жизнь: табаководство в XVII–XVIII веках активно развивалось на юге России, и там подобное прозвище могло возникнуть независимо от грибной истории.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Папутин — это «сын Папуты», «из рода Папуты». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным -а, и встречается повсеместно. Интересно, что форма множественного числа «Папутины» в названии рода подчёркивает семейную общность: так говорили о целой династии, а не об одном человеке.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс закрепления прозвищ в фамилии растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и шёл в разных регионах неравномерно. Однако сам факт, что фамилия сохранилась и дошла до наших дней, говорит о том, что предки Папутиных были людьми заметными в своей общине — иначе прозвище не закрепилось бы за потомками.

Фамилия Папутин — памятник живой народной речи, где бытовое слово из обихода грибника или табачника стало родовым именем. Она не дворянская и не книжная, а вышедшая из гущи крестьянского или посадского быта, что делает её особенно ценной для тех, кто ищет свои корни в простых людях, кормившихся своим ремеслом.