Фамилия Папушины ведет начало от личного прозвища Папуша, что характерно для распространенного типа русских фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имен. В основе прозвища, скорее всего, лежит румынское слово păpuşă, которое в русской транскрипции звучит как «папуша» и обозначает связку или пучок — бумаг, табачных листьев и тому подобного. Отсюда напрашивается вывод, что родоначальник Папушиных мог трудиться на табачном или бумажном производстве, занимаясь связкой сырья или готовой продукции. Это ремесло было вполне конкретным и узнаваемым, поэтому прозвище легко закреплялось за человеком и переходило к его потомкам.

Существует и вторая гипотеза, которая связывает прозвище с молдавским словом «папушой», то есть кукурузой. В этом случае предок мог выращивать кукурузу или же просто быть большим любителем блюд из нее. Обе версии имеют право на существование, но первая выглядит предпочтительнее: слово «папуша» в значении «связка» шире распространено в русских говорах и лучше вписывается в модель прозвищ, описывающих занятие человека. Версия с кукурузой более экзотична и, вероятно, возникла как позднее переосмысление, хотя полностью исключать ее нельзя.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Папушин — это «сын Папуши», что типично для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я. Такая модель была одной из самых продуктивных в северных и центральных русских землях, где фамилии на -ин встречаются не реже, чем на -ов.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и прозвище Папуша могло возникнуть независимо в разных регионах. Однако сама фамилия Папушины — это живой памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе отголосок давних ремесел и межъязыковых контактов, ведь румынское и молдавское влияние в южнорусских и приграничных говорах было вполне реальным явлением.