Фамилия Папушенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России. Суффикс -енко изначально указывал на сына или потомка человека, названного в основе: Папушенко — «сын Папуши» или «потомок Папуши». Основа же фамилии — прозвище Папуша.

Прозвище Папуша могло иметь два источника. Первый — тюркское слово «папуша» (или «бабуша»), означавшее «башмак», «туфелька», «домашняя обувь». В южнорусских и украинских говорах так называли мягкие кожаные туфли или старые стоптанные башмаки. В таком случае Папушей могли прозвать сапожника, торговца обувью или человека, который носил необычную, заметную обувь. Вторая версия — от уменьшительной формы имени Павел (Павлуша → Папуша), что в украинской народной речи не редкость: Павло через промежуточную форму Папул превращалось в Папуша. Тогда фамилия Папушенко означает «внук Павла» и входит в огромный ряд отчеств на -енко от крестильных имён.

В пользу первой версии говорит то, что прозвища по обуви встречаются в украинской ономастике (например, Чоботарь, Сапожник, Постол), а форма Папуша как производное от Павла — менее типична, хотя и возможна. Географически фамилия тяготеет к Полтавской, Харьковской и Сумской областям, что подтверждает её украинское происхождение. В России она встречается реже и чаще всего в казачьих областях — на Кубани и Дону, куда украинские переселенцы принесли свою модель фамилий.

Сословного барьера у Папушенко не было: эту фамилию могли носить и казаки, и крестьяне, и мещане. Она не перешла в дворянскую среду, так как не имела окончания -ский/-цкий, типичного для польской шляхты. В документах XIX века встречаются написания Папушенко и Папущенко — второй вариант мог возникнуть под влиянием произношения (чередование ш/щ) или как случайная описка в метрических книгах.