Фамилия Папушина образована от прозвища Папуша. Оно ведет свое начало от румынского слова păpuşă (в русской транскрипции «папуша»), которым обозначают связку, пучок бумаг, табачных листьев и т.п. Поэтому можно предположить, что основатель рода Папушиных работал на табачном или бумажном производстве и занимался связкой сырья или готовой продукции. Согласно другой гипотезе, прозвище Папуша связано с молдавским словом «папушой» - «кукуруза». В таком случае можно предположить, что родоначальник Папушинаых выращивал кукурузу. Однако не исключено, что Папушей могли называть любителя блюд из этого растения. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Папуша, со временем получил фамилию Папушина.