Фамилия Папушкина — женская форма от Папушкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Папушка. Разбираем словообразовательную цепочку: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Папушкин сын, Папушкина дочь), а корень восходит к слову «папа» или его уменьшительно-ласкательной форме «папушка». В русских говорах «папушка» — не только ласковое обращение к отцу, но и название хлеба, чаще пшеничного, а также кукурузного початка (от южнорусского «папуша»). В некоторых областях так называли пучок, связку чего-либо, например, табачных листьев.

Самая вероятная версия происхождения — отчество от прозвища Папушка. Так могли прозвать человека, похожего на отца, любимца отца или, напротив, того, кто постоянно поминал родителя в речи. Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с ремеслом: Папушкой называли пекаря, торговавшего сдобными «папушками», или крестьянина, выращивавшего кукурузу. В словаре Б. Унбегауна и работах В. Никонова фамилия не выделяется как частотная — она редкая, с очаговым бытованием в центральных и южных губерниях России, особенно в Тульской, Рязанской и Воронежской областях.

Обратите внимание на суффикс: -ин, а не -ов. Это указывает на древнюю модель образования от основ на -а, -я, характерную для северных и центральных регионов. Фамилии на -ин часто фиксировали принадлежность к конкретному человеку по имени или прозвищу без дополнительных переосмыслений. Таким образом, Папушкины — потомки человека, которого в быту звали Папушкой, и это прозвище закрепилось за родом, не превратившись в более позднюю форму с суффиксом -ов.