Фамилия Панпушкина — женская форма, а её мужской вариант — Панпушкин. С первого взгляда основа кажется необычной, но на самом деле это типичная русская фамилия, образованная от прозвища или имени, которое уже вышло из обихода. Чтобы понять её происхождение, достаточно разобрать слово «Панпушка».

Корень здесь — «Пан-», который в старорусских именах и прозвищах часто сокращал имя Панкрат (от греческого «панкратес» — «всесильный») или Пантелей (от «пантелеимон» — «всемилостивый»). В народе такие усечённые формы были обычным делом: Паня, Панюта, Панша. Вторая часть — «-пушка» — это не орудие, а уменьшительно-ласкательный суффикс с оттенком фамильярности. Получается, что Панпушка — это двойное ласкательное образование: сначала имя Пан (от Панкрата) «уменьшили» до Панки, а потом добавили ещё один суффикс, чтобы получить Панпушку. Такая модель (корень + суффикс -ушк-) встречается в фамилиях вроде Дядюшкин или Мамушкин, но с двойным уменьшением она редка.

По сути, Панпушкин означает «сын Панпушки» или «тот, кто относится к Панпушке». Панпушкой в XV–XVII веках могли называть человека невысокого роста или с мягким характером, но скорее всего это было просто домашнее, бытовое имя, данное в крестьянской или посадской среде. Фамилия закрепилась в центральных губерниях России, где были распространены подобные «домашние» прозвища на -ушка. В переписных книгах XVII века похожие формы (Панка, Панюшка) встречаются среди крестьян и ремесленников, а значит, предки носителей фамилии не принадлежали к дворянству — это фамилия простого люда, которая сохранилась до наших дней в почти неизменном виде.