Фамилия Папутков образована от прозвища или нецерковного имени Папутка. Основа здесь — «папутка», слово с двумя разными истоками. Первый: в южнорусских и украинских говорах «папутка» — это «путник», «спутник», «попутчик». Второй, более редкий: «папутка» могло быть уменьшительно-ласкательной формой от имени Папута, которое, в свою очередь, связано с западнославянским корнем «папа» (отец) или польским «paputa» (болтун, пустомеля). В русской ономастике чаще придерживаются первой версии — человек, который постоянно находился в пути, сопровождал кого-то или сам был странником.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Папутков буквально означает «сын Папутки» или «из семьи Папутки». Такая модель типична для великорусских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища на -ка легко превращались в фамилии на -ов. Интересно, что в переписных книгах XVII века встречается фамилия Папуткин — однокоренная, но с другим суффиксом, что говорит о вариативности в народной среде. Папутков же закрепился именно с «твёрдым» окончанием, что характерно для северных и центральных областей России.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — Вологодская и Костромская области, также единичные записи в Пермском крае. В дореволюционных метрических книгах Папутковы чаще всего значатся крестьянами или мещанами, реже — духовенством. Никакого дворянского корня у фамилии нет, это типичная «низовая» фамилия, возникшая из бытового прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Путков, Попутчиков, Путятин) показывает, что Папутков стоит особняком: в ней нет прямого указания на профессию или внешность, только на образ жизни — постоянное движение. Возможно, предок был ямщиком, торговцем-коробейником или просто человеком, которого часто видели на дороге. Версия с «болтуном» менее вероятна, так как суффикс -ут- в русских прозвищах чаще указывает на действие, а не на качество.