Фамилия Папурин образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью патронимического суффикса -ин, который присоединялся к основам на -а/-я. Такой способ именования был типичен для северных и центральных регионов России, где детей часто записывали по имени или прозвищу отца: Папуря → Папурин, то есть «сын Папури».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Папуря. Здесь возможны две версии происхождения, и обе имеют право на жизнь. Первая: Папуря — это разговорная, уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Пафнутий. В народной среде церковные имена часто перекраивались до неузнаваемости: Пафнутий → Папуня → Папура. Вторая версия связывает прозвище с диалектным словом «папуря» — в некоторых говорах так называли неуклюжего, медлительного человека. Какая из гипотез правдоподобнее, сказать сложно, но обе укладываются в общую логику образования русских фамилий от прозвищ и обиходных форм имён.

Сам тип фамилий на -ин, к которому относится Папурин, — один из древнейших в славянском мире. Подобные именования встречаются у восточных, западных и южных славян, что делает фамилию частью широкого ономастического пласта, а не локального явления. При этом окончательно говорить о точном времени и конкретной местности возникновения фамилии Папурин можно лишь после серьёзных генеалогических изысканий: процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть долгим, а её носители — переселяться из одного региона в другой, унося имя с собой.

Фамилия Папурин — самобытный памятник славянской культуры. Как и другие именования той же модели, она сохраняет в себе память о том, как в старину называли человека в быту, вне официальной церковной записи. И хотя сегодня мы не можем с точностью сказать, был ли первый Папурин сыном Пафнутия или человеком с метким прозвищем, сама фамилия остаётся ценным источником семейной истории, передавая из поколения в поколение след языка и традиций своих предков.