Фамилия Патутин вписывается в распространённую модель русских фамилий, образованных от имени собственного. Если отбросить фамильный суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей-то сын», «чей-то человек»), мы получим личное имя или прозвище Патута. Именно оно и стало основой фамилии.

Скорее всего, Патута — это уменьшительная форма крестильного имени Ипатий. Само имя Ипатий происходит от греческого слова hypatos, что значит «самый высокий». В старину такие сокращённые формы были обычным делом: длинное церковное имя в быту превращалось в короткое и удобное для повседневного общения. Так Ипатий вполне мог стать Патутой, а его дети, отвечая на вопрос «чьи вы?», говорили: «Патутины», то есть наследники Патуты.

Впрочем, нельзя полностью исключать и другую версию, хотя она менее правдоподобна. В некоторых говорах существовали слова, созвучные основе: например, глагол «пату́кать» или «пату́чить» в значении «колотить, стучать», а также производные от них прозвища. Однако для фамилии Патутин версия с крестильным именем выглядит убедительнее: она лучше объясняет форму основы и не требует натяжек.

Точное место и время возникновения фамилии Патутин сейчас назвать сложно. Процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Крестьянские и мещанские фамилии, как правило, окончательно закрепились лишь к концу XIX века, хотя отдельные случаи фиксируются намного раньше. Поэтому можно лишь сказать, что фамилия Патутин — результат длительного исторического развития, и её носители сегодня встречаются в разных частях России.

Сама фамилия любопытна тем, что сохранила в себе след живого народного словообразования. Она не книжная и не искусственная, а выросла из повседневного обихода, из того, как люди звали друг друга в семье и на улице. В этом её ценность как памятника славянской письменности и культуры: за коротким сочетанием букв стоит целый пласт языковой истории.