Основой фамилии Патутин послужило имя Патута. Вероятно, Патута – уменьшительная форма крестильного имени Ипатий, которое образовано от греческого слова hypatos – «самый высокий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Патута, со временем получил фамилию Патутин.