Фамилия Падутин образована от прозвища или нецерковного имени Падута. Основа здесь — глагол «падать» в его древнем, более широком значении. В русских говорах «падута» могли назвать человека неуклюжего, часто падающего, или же, напротив, того, кто «пал» в бою (но это значение для мирной фамилии маловероятно). Чаще всего такие прозвища давали по поведению: непоседе, который вечно спотыкается, или, в ироничном ключе, медлительному и вялому человеку.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Падутин — буквально «сын Падуты». Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть возникшая из отчества. Формант -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а/-я, что и подтверждает разбор: Падут(а) + ин.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «падута» имело иное значение — так называли вид болезни или припадка (ср. «падучая»). Если прозвище дали по болезни, то предок мог страдать эпилепсией, и фамилия закрепилась за ним как медицинская характеристика. Такие случаи в ономастике известны, хотя встречаются реже, чем прозвища по поведению.

Фамилия редкая. В дореволюционных справочниках и переписях она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в северных или центральных губерниях России, где сохранялись архаичные говоры. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямого упоминания Падутина нет, но модель образования полностью соответствует описанной им группе фамилий от глагольных основ на -ута (ср. Трясута, Вислота).

Версия о связи с географическим названием (например, река Падута) маловероятна: таких топонимов в русском ономастиконе не зафиксировано. Также не стоит путать фамилию с Падучевым или Падунским — это самостоятельные образования от разных корней.