Фамилия Падушин — редкий случай, где основа почти наверняка указывает на конкретное место, а не на занятие или личное качество. В её основе лежит не имя и не прозвище, а название населённого пункта — Падушино или Падуш. Такие деревни и сёла встречаются в Вологодской, Костромской и Кировской областях, а также на Урале. Человек, переехавший оттуда, получал прозвание «Падушинский», которое в бытовой речи быстро сократилось до «Падушин» — по типичной модели: кто из Падушина, тот и Падушин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Падушин, то есть сын или потомок Падуши. Но «Падуша» как личное имя или прозвище в документах не встречается, что и заставляет искать корни в топонимике. Само название «Падушь» или «Падушино» происходит от диалектного слова «падушь» — овраг, лощина, крутой спуск к реке. В северных и центральных говорах так называли низину, куда «падает» вода или дорога. Таким образом, предок носителя фамилии жил не просто в деревне, а в деревне, расположенной в овраге или у обрыва.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с прозвищем «Падуша» — так могли называть человека, который часто падал, был неуклюжим, или, напротив, того, кто «пал» в бою, но выжил. Однако в русской ономастике прозвища от глагола «падать» редки и почти не дали устойчивых фамилий, в отличие от «Падун» (водопад, порог на реке). Поэтому географическая версия остаётся основной.

Фамилия немногочисленна и встречается в основном в Вологодской и Архангельской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири. В документах XIX века Падушины — преимущественно государственные крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «географическое» происхождение: фамилию дала деревня, а не поместье.