Фамилия Пакушин образована по модели, которая широко представлена в ономастике восточных, западных и южных славян: от личного прозвища или имени, как христианского, так и языческого, через притяжательный суффикс -ин. Этот суффикс отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность родоначальнику: Пакуша — сын Пакуши, а затем уже и потомки Пакушины стали Пакушиными.

Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Пакуша. В русских говорах у этого слова несколько значений, и фамилия могла возникнуть в разных местах независимо. Чаще всего исследователи связывают его с глаголом «пакать» — то есть пачкать, марать, делать небрежно. В таком случае Пакушей в крестьянской среде могли прозвать неаккуратного человека или того, кто работал спустя рукава. Но есть и другая, более мирная версия: в некоторых диалектах «пакуша» — это ласковое обращение, что-то вроде «пак» или «пакша» — так звали тихого, медлительного, добродушного человека.

Менее вероятна, но возможна связь с христианским именем Пахомий. В народной речи это имя нередко сокращали до Пакуши или Паки, и тогда фамилия оказывается не от прозвища, а от крестильного имени. Однако эта версия уступает прозвищной: слишком уж выразительное и бытовое слово «пакуша» в говорах, чтобы отбрасывать его ради книжного имени.

Суффикс -ин в данном случае типичен для фамилий, образованных от основ на -а, и встречается у русских, белорусов и украинцев одинаково часто. Сама фамилия Пакушин не относится к числу распространённых, она скорее редкая, и это как раз тот случай, когда фамилия сохранила местное, диалектное слово, которое в литературном языке почти исчезло. Носители фамилии встречаются в центральной России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её прозвищное происхождение: именно в этих регионах бытовали глагол «пакать» и его производные.

Известных исторических личностей с фамилией Пакушин в открытых источниках не значится, но это не умаляет её ценности. Фамилия — живое свидетельство того, как в одном слове уместились и характер человека, и говор его деревни, и словообразовательная традиция, общая для всех славян.